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马铃薯本身含有大最水分，对外界条件反应敏感，冷了容易受冻，热了容易发芽，干燥容易皱缩，潮湿容易腐烂，破伤容易感染病害，薯块组织幼嫩，容易压伤和破碎，这就给运输带来了很大的困难。因此，安排适宜的运输时间，采用合理的运输工具和装卸方法，选择合适的包装材料，是做好运输工作的先决条件。
(1)包装工具的选择，总的原则是既要便于保护薯块不受损伤，装卸方便，又要符合经济耐用的要求。适合马铃薯运输的包装有草袋、麻袋、网袋和纸箱等。草袋的优点是皮厚、柔软、耐压，适合于低温条件下运输，而且价格低廉；缺点是使用率较低，一般使用2～3次就会破烂，不是很经济。麻袋的优点是坚固耐用，装卸方便，比草袋的使用率高，容量大，可以使用多次；缺点是皮薄质软，抗机械损伤能力差，比草袋的价格高。丝袋的优点是坚固耐用，装卸方便；缺点是透气性差。网袋的优点是透气性好，能清楚看到薯块的状态，而且价格低廉；缺点是太薄太透，易造成薯块损伤。
(2)运输中的注意事项
马铃薯收获以后至气温下降到0℃时，这段时间马铃薯正处于休眠状态，气温适宜，这时运输最为安全，在此期间应抓紧时间运输。当气温降至0℃以下时，运输需要防寒防冻；为了防止薯块受冻，在此期间最好不运输，如因特殊情况需要运输时，必须包装好，加盖防寒设备，严禁早晚及长途运输。当气温从0℃回升到10℃左右时，这时随着气温的上升块茎已度过休眠期，当温度达到5℃以上，幼芽开始萌动，长距离的运输，块茎就会长出幼芽，消耗养分，影响食用品质和种用价值，故应采用快速运输工具，尽量缩短运输时间。此外，运输期间除了要防热、防冻以外，还要防止机械碰伤和雨淋。如果是种薯运输，必须有种薯生产单位所在地的植物检疫部门出具的检疫证书方可运输。不同品种、不同级别的种薯在一起运输时严防混杂。